Révolution française
À la veille de la Révolution, une importante partie des terres de la paroisse sont la propriété de Florent-Alexandre-Melchior de La Baume, comte de Montrevel et seigneur baron de Lugny (aux hameaux de Bonzon et de Boye) mais, surtout, de l'Église : chapitre cathédral Saint-Vincent de Mâcon et moines bénédictins de l'abbaye de Cluny (ces derniers étant propriétaires de la tour de Bassy).
Juillet 1789 : épisode de la Grande Peur en Mâconnais. La tour de Bassy est investie. Parmi d'autres brigands arrêtés, les Scisséens Vincent Courtois (29 ans), garçon domestique, Antoine Venet (25 ans), domestique, et Pierre Maziller, expert et député, sont pendus à Cluny les 4 et 5 août. Joseph Sologny, vigneron de 38 ans, est condamné à Tournus aux galères royales.
1790 : à la création des cantons, la commune de Saint-Gengoux-de-Scissé est rattachée au canton de Lugny, alors composé de douze communes.
À la Révolution française, Saint-Gengoux-de-Scissé fut débaptisé pour devenir « Bassy-de-Scissé ».
Période contemporaine
À compter du 11 novembre 1900, Saint-Gengoux-de-Scissé fut desservi par le train, à la suite de l'inauguration ce jour-là de la ligne de chemin de fer à voie étroite Mâcon-Fleurville via Lugny (ligne qui fonctionna, pour le trafic quotidien des voyageurs, jusqu'en 193114).
1930-1932 : percement d'un tunnel de 480 mètres environ qui, d'ouest en est, traverse le deuxième chaînon calcaire du Mâconnais et permet d'alimenter en eau le bourg de Saint-Gengoux à l'aide de la captation de l'eau de la Goulouze (grâce à la pose au sol de ce tunnel d'une canalisation en fibrociment). Le tunnel part du sud du hameau de La Verzée pour aboutir au niveau de la route de la Montagne.
1966 : jumelage de la cave coopérative de Saint-Gengoux-de-Scissé avec la cave coopérative de Lugny, qui donnera lieu à la constitution du « groupement de producteurs Lugny-Saint-Gengoux ».
1972 : création du Syndicat intercommunal à vocation multiple (SIVOM) du canton de Lugny (siège en mairie de Lugny), auquel adhèrent Saint-Gengoux-de-Scissé et treize autres communes du Haut-Mâconnais, avec pour objet : la couverture des dépenses d'investissement et de fonctionnement du collège de Lugny, la réalisation d'une maison de retraite, la création et le fonctionnement de tous services sociaux (tels que dispensaire, aide à domicile par exemple), la réalisation de travaux d'assainissement, le ramassage d'ordures ménagères et l'entretien de la voirie communale.
1993 : fondation de la communauté de communes du Haut-Mâconnais (avec Lugny pour siège), regroupant sept communes : Bissy-la-Mâconnaise, Burgy, Chardonnay, Cruzille, Grevilly, Lugny et Saint-Gengoux-de-Scissé. À cette première communauté de communes a succédé, le 1er janvier 2003, la Communauté de communes du Mâconnais - Val de Saône (siège à Lugny), résultant de la fusion de trois intercommunalités (celles du Haut-Mâconnais, de la Haute-Mouge et du Mâconnais-Val de Saône).